Przy zakupie towarów i usług wykorzystywanych do realizacji projektu unijnego VAT z reguły jest niekwalifikowany, czyli nie może być zrefundowany w ramach projektu. Zasada jest jasna – VAT naliczony powinien być zwrócony na zgodnie z krajowymi przepisami prawa (Ustawa o VAT). Natomiast jeśli prawo to uniemożliwia pomniejszenie VAT-u należnego o naliczony, a beneficjent rzeczywiście i ostatecznie poniósł jego koszt, to może on zgłosić podatek jako wydatek kwalifikowany w oparciu o postawę prawną stwierdzającą brak możliwości odzyskania VAU naliczonego (art. 7 ust. 1 lit. d) rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady 1080/2006/WE w sprawie EFRR (…). Zadeklarowanie podatku jako kosztu kwalifikowanego odbywa się za pomocą oświadczenia o kwalifikowalności VAT, które składane jest razem z wnioskiem o dofinansowanie projektu.
Prawo do odliczenia podatku każdorazowo podlega szczegółowej weryfikacji. Do pierwszych czynności należy sprawdzenie czy zakupione towary i usługi zostały wykorzystane do realizacji projektu unijnego. Oświadczenie deklarujące podatek jako koszt kwalifikowany musi być poparte przepisami prawnymi potwierdzającymi brak możliwości odzyskania podatku. Kolejny etap weryfikacji kwalifikowalności VAT odbywa się podczas składania wniosku o płatności. Ostatnia faza kontroli przebiega podczas okresu trwałości projektu – po zakończonej realizacji. W przypadku małych i średnich przedsiębiorstw obejmuje on okres 3 lat po zakończeniu realizacji, natomiast dla pozostałych jednostek pięć lat.
